O Núcleo de Arqueologia desenvolve pesquisas sobre sociedades humanas através dos vestígios materiais e paisagens modificadas por populações humanas que ocuparam a Amazônia, mais especificamente a região sul e sudeste do Pará.

As pesquisas são realizadas em determinadas áreas geográficas como a Serra das Andorinhas. Mas, há também pesquisas de cunho do licenciamento ambiental que tem trazido maiores  conhecimentos de diversos sítios arqueológicos, gerando, consequentemente, maiores dados de ocupação de grupos pré-coloniais. Como forma de extroversão do conhecimento gerado, há exposição arqueológica nos Museus.

Conta-se também com uma Reserva Técnica muito bem montada e acessível, assim como uma excelente estrutura laboratorial.